
Fudbalsku karijeru počeo je u FK Željezničaru gdje je za devet godina odigrao više od 300 utakmica. Dok je igrao za FK Željezničar dva puta je bio izabran za najboljeg igrača Jugoslavije, te je sa FK Željezničarom 1985. godine igrao u polufinalu Kupa UEFA. U ljeto 1987. godine prelazi u francuski FC Sochaux, gdje 1989. godine biva izabran za najboljeg stranog igrača Francuske 1. lige. U FC Sochauxu ostaje do 1996. godine, nakon čega sezonu 1996/97 provodi u Nimesu. Karijeru završava 1998. godine u švicarskom Étoile Carouge.
Igrao je za Jugoslavensku U-18, U-21, olimpijsku U-23, te Jugoslavensku A reprezentaciju. Bio je kapiten U-21 reprezentacije Jugoslavije koja je 1978. godine osvojila Evropsko prvenstvo do 21 godinu. Za A reprezentaciju je debitovao 1983. godine, te ubilježio 54 nastupa uz 4 postignuta gola. Ostaće upamćen po tome što je na kvalifikacionoj utakmici za Svjetsko prvenstvo 1990. godine u Sarajevu protiv reprezentacije Norveške pljunuo turskog sudiju Yusufa Namoglua, zbog čega je dobio direktan crveni karton, te je bio suspendovan sa Svjetskog prvenstva 1990. godine.
Bio je prvi kapiten reprezentaciju Bosne i Hercegovine za koju je odigrao 11 utakmica.
Nakon završetka igračke karijere bio je pomoćni trener FC Sochauxa, te trener rezervnog tima. Nakon toga, 2003. godine postaje trener francuskog kluba FC Istres, koji se tada takmičio u 2. ligi. U sezoni 2003/04. sa klubom ulazi u Francusku 1. ligu i tako ostvaruje najveći uspjeh u historiji kluba. Iste godine biva izabran za najboljeg trenera Francuske 2. lige. U julu 2005. godine odlazi u Tunis, te preuzima Étoile du Sahel sa kojim iste godine igra u finalu Afričke Lige prvaka.
Otkaz u Étoile du Sahel dobija 12. april 2006. godine nanakon domaćeg poraza od 0-1, što ih je u konačnici koštalo osvajanja Tuniške lige. Iste godine odlazi u Katar gdje preuzima Al-Wakrah. Nakon jedne godine provedene u Kataru, vraća se u Francusku, gdje u decembru 2007. godine preuzima Grenoble Foot 38. Naime japanski vlasnici Grenoble su izabrali Baždarevića po prepuoruci Ivice Osima koji ih je poznavao za vrijeme svog angažmana u Japanu. U sezoni 2007/08. sa Grenobleom ostvaruje uspjeh te ulazi u Francusku 1. ligu. Nakon nepune tri godine provedene u Grenobleu, u septembru 2010. godine daje ostavku. U junu 2011. godine preuzima FC Sochaux.
13. decembra 2014. Mehmed Baždarević je postao selektor Bosne i Hercegovine